Yu-Gi-Oh! Manga a fost difuzat din 1996 până pe 8 martie 2004. Creată de Kazuki Takahashi și a fost unul dintre cele mai populare titluri prezentate în Weekly Shōnen Jump de la Shueisha. Focusul inițial este pe Yugi Mutou, deoarece folosește jocuri concepute de Pegasus pentru a lupta cu diverși răufăcători. Yugi intră și în belele impreuna cu prietenii săi Katsuya Jonouchi, Anzu Mazaki și Hiroto Honda. Intriga începe destul de episodic și include doar trei exemple de Magic și Wizards în primele șapte volume. În al optulea volum, începe arcul Regatului Duelistilor, făcând ca intriga să se schimbe într-un univers centrat pe Duel Monsters.
Editorii au fost Yoshihisa Heishi și Hisao Shimada. Kazuki Takahashi îl crediteaza pe Toshimasa Takahashi în coloana „Mulțumiri speciale”.
Versiunea în limba engleză a Yu-Gi-Oh! manga este lansată în Statele Unite și Canada de către Viz Media atât în revista Shonen Jump, cât și în romane grafice individuale. Numele originale japoneze ale caracterelor sunt păstrate pentru majoritatea personajelor (Yugi, Jonouchi, Anzu și Honda, de exemplu), în timp ce numele englezești sunt folosite pentru un număr minor de caractere (de exemplu Maximillion Pegasus) și pentru cărțile Duel Monsters. Este publicat în formatul său original de la dreapta la stânga, iar manga este în mare parte needitată.
Traducătorii manga în limba engleză sunt Anita Sengupta (pentru volumele 1-7, și Duelist 1) și Joe Yamazaki (pentru Duelist 2-24 și Millennium World). Unele conținuturi au fost revizuite în tipăririle ulterioare ale volumelor anterioare.
Viz a lansat volumele de la 1 la 7 din Yu-Gi-Oh! manga sub titlul său original. Arcurile Duelist Kingdom și Battle City sunt lansate sub titlu; Yu-Gi-Oh!: Duelist , în timp ce arcul Egiptului este lansat ca Yu-Gi-Oh! Lumea Mileniului . Începând cu numărul din decembrie 2007, seria a ajuns la final, după o lungă perioadă de cinci ani în paginile Shonen Jump, America.